BG2000衛星同步時鐘的衛星系統為GPS/北斗雙模式接收，該衛星雙模接收系統既能夠同時接收北斗/GPS雙星系統，也能夠單獨分別接收GPS或者北斗衛星系統。，本時鐘系統采用了雙星模式。雙模式同時接收國產北斗衛星系統和美國GPS定位系統衛星，使得參與同步定位的衛星數量大幅增加，并且搜星速度快，同步定位精度比單獨GPS方式更高，時鐘精度更精準。

衛星同步時鐘主機內具有高精度本地時鐘守時系統。本地守時系統精度為10-8，高為10-9。在GPS、北斗衛星系統正常的情況下，本地時鐘系統被衛星所同步。當衛星系統連接故障時，時鐘主機自動切換到本地時鐘，仍舊能夠提供高精度時鐘輸出。

系統包括2臺時鐘主機，實現雙主機熱備用。一臺時鐘主機故障時，不影響系統運行。